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A los quince años de vida de la Universidad Autónoma del Sudeste, se funda en 1980 la "Escuela Superior de Ciencias Químico Biológicas" bajo el rectorado del Ing. Humberto Lanz Cárdenas, posteriormente en 1990 se eleva a categoría de Facultad por la apertura de la especialidad en Administracion de la Calidad en la Industria Alimentaria.
La Escuela Superior de Ciencias Químico Biologicas inicia labores el 4 de Octubre de 1980 bajo la dirección del I.B.Q. Carlos Ortega Cárdenas, con instalaciones prestadas a la Facultad de Ingeniería, siendo hasta el año de 1983 que se asignan las instalaciones propias.
La "Facultad de Ciencias Químico Biológicas" de la Universidad Autónoma de Campeche fue fundada el día 4 de octubre de 1980, con la creación de la carrera de Ingeniero Bioquímico con Especialidad en Alimentos, en septiembre de 1981, dada la demanda de profesionistas en los hospitales y laboratorios privados, se creó la carrera de Químico Farmacéutico Biólogo. Asimismo, tomando en cuenta la tendencia del Estado hacia la reservación y aprovechamiento de sus recursos naturales, la Facultad de Ciencias Químico Biológicas creó las carreras de Biología Marina en el año de 1989 y Biología en el año de 1995.
En sus quince años de vida la Facultad de Ciencias Químico Biológicas ha formado un total de 483 profesionistas en las carreras anteriormente mencionadas. Laboran actualmente en la Facultad un total de 34 profesores de nivel Licenciatura y Posgrado. Respondiendo a las demandas de la sociedad en general, la Facultad ha ofertado como cursos de Posgrado la Especialidad en Control de Calidad en la Industria Alimentaria y creó este año la Maestría en Farmacia Clínica y Hospitalaria, y la Maestría en Manejo de Recursos Acuáticos. Asimismo, ofrece cursos de actualización en diversos temas del área con el fin de cumplir con la Sociedad, la Facultad ha fomentado áreas que dan servicio a los diferentes sectores.
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